Nygårdskirken er opført i 1966 og indviet Allehelgenssøndag den 6. november samme år af biskop over Helsingør Stift J.B. Leer Andersen. Kirken fungerede som annekskirke i Brøndbyøster Sogn indtil 1979, hvor kirken blev sognekirke i det nyoprettede Nygårds Sogn. Nygårdskirken kunne således fejre 50 års jubilæum i 2016.
Nygårdskirken er tegnet for Jels Savværk af arkitekt Jens-Erik Jensen, Bramdrupdam. Kirkens udseende er inspireret af vikingernes langhuse; den er opført i fyrretræ og eternitplader og har 180 siddepladser. Kirkens sidebygning med kontorer og lokaler er opført i årene derefter; den seneste udvidelse fandt sted i 1991 under ledelse af arkitekt Erik Rasmussen, Glostrup. I 2002 fik sidebygningen ny tagkonstruktion, tegnet af arkitekt Per Axelsen, Roskilde.
I 1991 blev kirkens ydervægge renoveret med hvide laminatplader og taget belagt med kobberplader.
Kirkens opførelse august 1966
Nygårdskirken 1969
Nygårdskirken 1973
Nygårdskirken 1975
Nygårdskirken 2007
Nygårdskirken 2007
Nygårdskirken 2012